وجه الجهاز المركزي للمحاسبات عدة ملاحظات شديدة اللهجة للجمعية العامة لمصر للطيران تنطوي علي مخالفات ، وعلي إثر ذلك أصدر الطيار رشدي زكريا قرار بتشكيل لجنة برئاسة المستشار القانوني للشركة لفحص تقرير الجهاز، وانتهي رأي اللجنة بضرورة إحالة التقرير إلي جهات التحقيق بالدولة، وتم عرض الموضوع علي مجلس إدارة الشركة الذي أيد قرار اللجنة ، أشار الجهاز المركزي في ملاحظاتة علي وجود عدة مخالفات حيث قامت شركة مصر للطيران بإبرام عقد مع إحدي شركات التأجير لإيجار طائرات بوونج ٧٧٧عام ٢٠٠٧بقيم مرتفعة عن القيم الفعلية، مما كبد الشركة أموالا كثيرة ، وتتضمنت الملاحظات أنه في عام ٢٠١٤ تم الاتفاق مع بيت خبرة أجنبي لتعثر الشركة ولرسم خطط مستقبلية للشركة بتكلفة ٤.٤مليون دولار، ولم يتم تنفيذ ما جاء من نتائج بيت الخبرة، إلا في أشياء قليلة ، كما أشار تقرير إلى وجود عيوب جسيمة شابت أسلوب التعاقد في صفقة شراء بعض الطائرات الجديدة مما كبد وسوف يكبد الشركة أموالا طائلة، وعلي ذلك تم تحويل التقرير الي جهات التحقيق ، وكان ممثل الجهاز المركزي للمحاسبات قد كشف فى فبراير 2021 عن الاختلاف بين بنود المذكرة التى وافق عليها مجلس إدارة الشركة في عام 2017 لشراء 12 طائرة كندية طراز “C.Series 300” إنتاج شركة بومبردييه الكندية التى تحول إسمها فيما بعد إلى “إيرباص 220” بعد تدخل شركة إيرباص الأوروبية لإنقاذ الشركة الكندية بشراء النسبة الحاكمة من خط إنتاج الطائرة “50.01%” لإجراء التعديلات اللازمة على الطائرة بعد فشل الشركة الكندية عدة سنوات فى إنهاء إختبارات تشغيل الطائرة ، مذكرة لجنة إختيار الطائرة التى وافق عليها مجلس إدارة شركة مصر للطيران حينذاك تضمنت عدة أسباب لتفضيل شراء هذا الطراز كأول شركة طيران فى أفريقيا والشرق الأوسط بأن الشركة الصانعة ستمنح مصر للطيران جهاز محاكاة تمثيلى “سيميليتور” بقيمة حوالى 13 مليون دولار مجانا لتدريب الطيارين داخل مصر وعدم لجوء الشركة لتسفيرهم إلى خارج مصر بشكل متكرر لتدريبهم ..فى حين أن التعاقد مع الشركة الصانعة تضمن عدم حصول مصر للطيران على جهاز المحاكاة التمثيلى إلا بعد قيام مصر للطيران بشراء 12 طائرة أخرى وذلك بخلاف ماتم عرضه على مجلس الإدارة والمسجل بمحضر الجلسة ، فى نهاية الإجتماع قررت الجمعية العمومية تشكيل لجنة للتحقيق فى ملاحظات الجهاز المركزى بصفة عامة ومخالفات شراء تلك الطائرات بصفة خاصة وإحالة ما تراه لجنة التحقيق مخالفا إلى النيابة من عدمه ، وبناء على قرار الجمعية العمومية أصدر الطيار رشدى زكريا رئيس الشركة القابضة لمصر للطيران قرارا بتشكيل لجنة برئاسة المستشار القانونى للشركة للتحقيق وإبداء الرأى القانونى عما إذا كانت ملاحظات الجهاز المركزي تستوجب إحالة اي منها إلى النيابة.